DOĞU ANADOLU BÖLGESİ V. SU ÜRÜNLERİ SEMPOZYUMU (2014)
Su Ürünlerinde Biyoteknoloji
2014
BAYIR, Mehtap; BAYIR, Abdulkadir; ARAS, Mevlüt
Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ, 2014.
@conference{BAYIR2014,
title = {NIL TILAPYASI (Oreochromis niloticus)’NDA CU/ZN SÜPEROKSIT DISMUTAZ (SOD1) GENININ BIYOENFORMATIĞI VE GENOMIK YAPISI},
author = {Mehtap BAYIR and Abdulkadir BAYIR and Mevlüt ARAS},
url = {http://www.akuademi.net/da/DOGU5/B/d5b01bsb.pdf},
year = {2014},
date = {2014-05-31},
booktitle = {Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ},
abstract = {Tilapya 2012 yılında 3,6 milyon tonluk üretim miktarı ile Dünya’da gümüş sazanı, Hindistan sazanları ve ot sazanından sonra en çok üretilen dördüncü balık türü olmuştur. Bunumla beraber, oksidatif stresin zararlı etkilerine karşı kritik role sahip antioksidant enzimler hakkında genomik araştırmalar hala yetersizdir. Superokdit dismutaz (SOD) antioksidan savunmanın ilk basamağını katalizlediğinden söz konusu savunma sistemi için anahtar enzimdir. Bu çalışmada, Nil tilapyası’nda Cu/Zn Superoksit dismutaz (SOD1)’ın genomik yapısı, diğer teleost balıklarla filogenetik ilişkileri, sekans benzerlikleri ve korunmuş gen sintenisi belirlenmiştir. Tilapyada SOD1 geni 4 intron tarafından bölünen 5 ekzon içermektedir. Filogenetik analizler ve polipeptid sekansları diğer teleost balıklarla yüksek benzerlik sergilemiştir. Sonuç olarak, bu çalışma Nil tilapiyasında SOD1 geni hakkında detaylı bilgi sağlamıştır. Ayrıca gelecekte teleost balıklarda antioksidan savunma sistemi genlerinde yapılacak çalışmalarada ışık tutacağı ümit edilmektedir. Anahtar Kelimeler: Bioenformatik, Oksidatif stres, SOD1, Nil Tilapyası},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {conference}
}
Tilapya 2012 yılında 3,6 milyon tonluk üretim miktarı ile Dünya’da gümüş sazanı, Hindistan sazanları ve ot sazanından sonra en çok üretilen dördüncü balık türü olmuştur. Bunumla beraber, oksidatif stresin zararlı etkilerine karşı kritik role sahip antioksidant enzimler hakkında genomik araştırmalar hala yetersizdir. Superokdit dismutaz (SOD) antioksidan savunmanın ilk basamağını katalizlediğinden söz konusu savunma sistemi için anahtar enzimdir. Bu çalışmada, Nil tilapyası’nda Cu/Zn Superoksit dismutaz (SOD1)’ın genomik yapısı, diğer teleost balıklarla filogenetik ilişkileri, sekans benzerlikleri ve korunmuş gen sintenisi belirlenmiştir. Tilapyada SOD1 geni 4 intron tarafından bölünen 5 ekzon içermektedir. Filogenetik analizler ve polipeptid sekansları diğer teleost balıklarla yüksek benzerlik sergilemiştir. Sonuç olarak, bu çalışma Nil tilapiyasında SOD1 geni hakkında detaylı bilgi sağlamıştır. Ayrıca gelecekte teleost balıklarda antioksidan savunma sistemi genlerinde yapılacak çalışmalarada ışık tutacağı ümit edilmektedir. Anahtar Kelimeler: Bioenformatik, Oksidatif stres, SOD1, Nil Tilapyası
GÜRÇAY, Metin; PARMAKSIZ, Ayşe; SAİT, Ahmet; GÜRÇAY, Selahattin
Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ, 2014.
@conference{GÜRÇAY2014,
title = {DETERMINATION OF NUCLEOTIDE PARTIAL SEQUENCE VP2 REGION OF VIRAL PROTEIN OF INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS ISOLATED FROM OVARIAN FLUID OF RAINBOW TROUT (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) IN TURKEY},
author = {Metin GÜRÇAY and Ayşe PARMAKSIZ and Ahmet SAİT and Selahattin GÜRÇAY},
url = {http://www.akuademi.net/da/DOGU5/B/d5b02isi.pdf},
year = {2014},
date = {2014-05-31},
booktitle = {Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ},
abstract = {Bu çalışmada, rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) ovarial sıvılarından izole edilen, Infectious Pancreatic Necrosis Virusunun (IPNV) viral proteininin VP2 bölgesinin kısmi nükleotid sekansı belirlendi. Nükleotid sekansının daha önceden dünyada izole edilmiş IPNV izolatları ile genetik yakınlığı araştırıldı. Bu amaç için, Elazığ bölgesinde ovarial sıvılardan IPNV izole edildi, RT-PCR metoduyla identifiye edildi ve bu izolatın viral proteininin VP2 bölgesinin kısmi nükleotid sekans analizi yapıldı. Bu izolatın nükleotid ve bundan çıkarılan aminoasit sekans verisi GenBankda, KC525214 ELAZIĞ erişim numarası ile yayınlandı. Bu izolat için filogenetik analiz yapıldı. KC525214 ELAZIĞ isolatının, filogenetik analiz sonucunda Genogroup 5 içinde bulunduğu ve Fransa, Norveç, Danimarka, Tayvan, İspanya ve Amerika izolatları ile serotip A2 grubunda bulunan izolatlarla yakından ilişkili olduğunu ortaya çıkardı. Bu bulgular, ovarian sıvıların transferleri, IPNV’ nin taşınma ve yayılmasına aracılık ettiğine işaret etmektedir. Bu çalışma ile, IPNV viral proteininin, VP2 bölgesinin kısmi nükleotid sekansı Türkiye’de ilk defa gerçekleştirilmiş oldu. Bu çalışma sonuçları gelecekte oluşabilecek IPNV salgınları ve epidemiyolojik çalışmalar için önem arz etmektedir. Anahtar Kelimeler: Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV), Ovarial sıvı, Gökkuşağı alabalığı, Nükleotid sekansı, Viral proteininin VP2 bölgesi},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {conference}
}
Bu çalışmada, rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum 1792) ovarial sıvılarından izole edilen, Infectious Pancreatic Necrosis Virusunun (IPNV) viral proteininin VP2 bölgesinin kısmi nükleotid sekansı belirlendi. Nükleotid sekansının daha önceden dünyada izole edilmiş IPNV izolatları ile genetik yakınlığı araştırıldı. Bu amaç için, Elazığ bölgesinde ovarial sıvılardan IPNV izole edildi, RT-PCR metoduyla identifiye edildi ve bu izolatın viral proteininin VP2 bölgesinin kısmi nükleotid sekans analizi yapıldı. Bu izolatın nükleotid ve bundan çıkarılan aminoasit sekans verisi GenBankda, KC525214 ELAZIĞ erişim numarası ile yayınlandı. Bu izolat için filogenetik analiz yapıldı. KC525214 ELAZIĞ isolatının, filogenetik analiz sonucunda Genogroup 5 içinde bulunduğu ve Fransa, Norveç, Danimarka, Tayvan, İspanya ve Amerika izolatları ile serotip A2 grubunda bulunan izolatlarla yakından ilişkili olduğunu ortaya çıkardı. Bu bulgular, ovarian sıvıların transferleri, IPNV’ nin taşınma ve yayılmasına aracılık ettiğine işaret etmektedir. Bu çalışma ile, IPNV viral proteininin, VP2 bölgesinin kısmi nükleotid sekansı Türkiye’de ilk defa gerçekleştirilmiş oldu. Bu çalışma sonuçları gelecekte oluşabilecek IPNV salgınları ve epidemiyolojik çalışmalar için önem arz etmektedir. Anahtar Kelimeler: Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV), Ovarial sıvı, Gökkuşağı alabalığı, Nükleotid sekansı, Viral proteininin VP2 bölgesi
EROĞLU, Oğuzhan; AFAN, Feridun; FİRİDİN, Şirin
SU ÜRÜNLERINDE MIKROSATELLIT BELIRTEÇLERIN KULLANIMI Conference
Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ, 2014.
@conference{EROĞLU2014,
title = {SU ÜRÜNLERINDE MIKROSATELLIT BELIRTEÇLERIN KULLANIMI},
author = {Oğuzhan EROĞLU and Feridun AFAN and Şirin FİRİDİN},
url = {http://www.akuademi.net/da/DOGU5/B/d5b03usu.pdf},
year = {2014},
date = {2014-05-31},
booktitle = {Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ},
abstract = {Gelişen teknolojiyle birlikte moleküler tekniklerin su ürünlerinde kullanımı her geçen gün daha da artmaktadır. Özellikle seleksiyon, ebeveyn belirleme, gen haritalarının çıkarılması, popülasyonlar arası genetik benzerliklerin belirlenmesi, akrabalı yetiştiriciliğin belirlenmesi, kodominant kalıtımın ve akrabalık ilişkilerinin belirlenmesi gibi birçok alanda kullanılmaktadır. Son yıllarda moleküler tabanlı çalışmalardan mikrosatellitler veya basit dizilim tekrarlar su ürünlerinde en çok kullanılan metotlardan birisidir. Su ürünlerinde genetik kaynakların kontrol altında tutulması ve korunması için uygun genetik belirteçlerin kullanımı büyük bir öneme sahiptir. Mikrosatellitler ileri derecede polimorfik DNA belirteçleri olup popülasyon yapılarının araştırılmasında en çok kullanılan genetik belirteçlerden birisidir ve gün geçtikçe önemi artmaktadır. (devamı var)... Anahtar Kelimeler: Mikrosatellit lokuslar, genetik varyasyon, PZR, fragment analizi},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {conference}
}
Gelişen teknolojiyle birlikte moleküler tekniklerin su ürünlerinde kullanımı her geçen gün daha da artmaktadır. Özellikle seleksiyon, ebeveyn belirleme, gen haritalarının çıkarılması, popülasyonlar arası genetik benzerliklerin belirlenmesi, akrabalı yetiştiriciliğin belirlenmesi, kodominant kalıtımın ve akrabalık ilişkilerinin belirlenmesi gibi birçok alanda kullanılmaktadır. Son yıllarda moleküler tabanlı çalışmalardan mikrosatellitler veya basit dizilim tekrarlar su ürünlerinde en çok kullanılan metotlardan birisidir. Su ürünlerinde genetik kaynakların kontrol altında tutulması ve korunması için uygun genetik belirteçlerin kullanımı büyük bir öneme sahiptir. Mikrosatellitler ileri derecede polimorfik DNA belirteçleri olup popülasyon yapılarının araştırılmasında en çok kullanılan genetik belirteçlerden birisidir ve gün geçtikçe önemi artmaktadır. (devamı var)... Anahtar Kelimeler: Mikrosatellit lokuslar, genetik varyasyon, PZR, fragment analizi
DUMAN, Selçuk; ŞAHAN, Aysel
Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ, 2014.
@conference{DUMAN2014b,
title = {KANGAL (SİVAS) BALIKLI ÇERMİK TERMAL KAPLICASI İLE TOPARDIÇ DERESİ (SİVAS)’NDE YAŞAYAN Cyprinion macrostomus HECKEL, 1843’DE BAZI HEMATOLOJİK PARAMETRELER VE NON-SPESİFİK İMMÜN YANITIN BELİRLENMESİ},
author = {Selçuk DUMAN and Aysel ŞAHAN},
url = {http://www.akuademi.net/da/DOGU5/B/d5b04dsd.pdf},
year = {2014},
date = {2014-05-31},
booktitle = {Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ},
abstract = {Hematolojik parametreler balığın sağlığının ve fizyolojik durumunun belirlenmesinde büyük bir öneme sahiptir. Ayrıca organizmadaki değişiklikleri doğru bir şekilde yansıtan, farklı ekolojik ortamlarda yaşayan balıkların metabolizmaları ile hastalıkların tespitinde önemli rol oynayan faktörlerden birisidir. Hematolojik ve immünolojik değerler balık sağlığı açısından önemli kriterler olarak kabul edilir. Balıklar bakteri, parazit, su sıcaklığı, oksijen miktarı, pH vb. gibi çevresel faktörler sonucu hematolojik parametrelerinde değişimler gözlenen poikilotermik canlılardır. Balıklarda hematolojik değerler su sıcaklığı ve iklimsel değişikliklerle ilişkili olan mevsimsel varyasyonların etkisiyle değişiklik göstermektedir. Amaç: Çalışmada, Kangal İlçesinde bulunan Balıklı Çermik Termal Kaplıcası ile kaplıca suyunun karıştığı Topardıç Deresi’nde yaşayan Cyprinion macrostomus HECKEL, 1843 (halk arasında doktor balıklar olarak bilinen) ele alınmıştır. Her bir ortamın mevsimler bazında karşılaştırılması ve her bir mevsimin ortamlar bazında karşılaştırması şeklinde hematolojik ve doğal immün parametreler incelenmiştir. Araştırmada kış ve yaz mevsimlerindeki farklılıklar ve farklı ortamların bu değerler üzerindeki etkileri belirlenmiştir. (devamı var)... Anahtar Kelimeler: Cyprinion macrostomus, Sivas Kangal Balıklı Çermik, Hematoloji, Non-Spesifik İmmünite},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {conference}
}
Hematolojik parametreler balığın sağlığının ve fizyolojik durumunun belirlenmesinde büyük bir öneme sahiptir. Ayrıca organizmadaki değişiklikleri doğru bir şekilde yansıtan, farklı ekolojik ortamlarda yaşayan balıkların metabolizmaları ile hastalıkların tespitinde önemli rol oynayan faktörlerden birisidir. Hematolojik ve immünolojik değerler balık sağlığı açısından önemli kriterler olarak kabul edilir. Balıklar bakteri, parazit, su sıcaklığı, oksijen miktarı, pH vb. gibi çevresel faktörler sonucu hematolojik parametrelerinde değişimler gözlenen poikilotermik canlılardır. Balıklarda hematolojik değerler su sıcaklığı ve iklimsel değişikliklerle ilişkili olan mevsimsel varyasyonların etkisiyle değişiklik göstermektedir. Amaç: Çalışmada, Kangal İlçesinde bulunan Balıklı Çermik Termal Kaplıcası ile kaplıca suyunun karıştığı Topardıç Deresi’nde yaşayan Cyprinion macrostomus HECKEL, 1843 (halk arasında doktor balıklar olarak bilinen) ele alınmıştır. Her bir ortamın mevsimler bazında karşılaştırılması ve her bir mevsimin ortamlar bazında karşılaştırması şeklinde hematolojik ve doğal immün parametreler incelenmiştir. Araştırmada kış ve yaz mevsimlerindeki farklılıklar ve farklı ortamların bu değerler üzerindeki etkileri belirlenmiştir. (devamı var)... Anahtar Kelimeler: Cyprinion macrostomus, Sivas Kangal Balıklı Çermik, Hematoloji, Non-Spesifik İmmünite
İNCETAŞ, Ozan M; VESKE, Erdinç; DEMIRCI, Recep; YAVUZCAN, H Güçlü; TANYERI, Ufuk
NATT-HERRICK BOYALI BALIK KANI HÜCRELERİNİN BELİRLENMESİ Conference
Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ, 2014.
@conference{İNCETAŞ2014,
title = {NATT-HERRICK BOYALI BALIK KANI HÜCRELERİNİN BELİRLENMESİ},
author = {Ozan M İNCETAŞ and Erdinç VESKE and Recep DEMIRCI and H Güçlü YAVUZCAN and Ufuk TANYERI},
url = {http://www.akuademi.net/da/DOGU5/B/d5b05bsb.pdf},
year = {2014},
date = {2014-05-31},
booktitle = {Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumu, 31 Mayıs - 2 Haziran 2014, Elazığ},
abstract = {Su Ürünleri Yetiştiriciliğinde, balık sağlığında hematolojik değerlerin belirlenmesi, rutin ve önemli bir işlemdir. Bu yüzden yetiştiriciliği yapılan su ürünlerinin sağlık durumları belirlenerek, teşhis ve tedavisinde önemli bilgiler elde edilebilmektedir. Balık kanlarının boyanmasında kullanılan yöntemlerin başında Natt-Herrick solüsyonu gelmektedir. Bu solüsyon kullanılarak elde edilen kan örneklerinin mikroskop ortamında gözle değerlendirilmesi ve hücrelerin sayısının belirlenmesi gözle yapıldığından oldukça zor ve zaman alıcı olmaktadır. Bu çalışmada, balık kanı örneklerine ait mikroskobik görüntülerindeki hücrelerin belirlenmesine yönelik çekirdekli bölge genişletme (Seeded Region Growing - SRG) yaklaşımına dayalı, kullanıcı müdahalesinden bağımsız otomatik bir arayüz geliştirilmiştir. Geliştirilen bu yöntemin başarımının değerlendirilmesinde farklı balık türlerinden (gökkuşağı alabalığı ve çipura), Natt-Herrick solüsyonu ile hazırlanan örneklerden, 100X yaklaştırma oranı ile elde edilmiş 100 adet görüntü kullanılmıştır. Geliştirilen yöntem ile elde edilen sonuçlar, hücreleri %97 doğruluk oranı ile belirleyebilmektedir. Anahtar Kelimeler: Balık Kanı, Natt-Herrick Solüsyonu, Çekirdekli Bölge Genişletme, Ayrıştırma},
keywords = {},
pubstate = {published},
tppubtype = {conference}
}
Su Ürünleri Yetiştiriciliğinde, balık sağlığında hematolojik değerlerin belirlenmesi, rutin ve önemli bir işlemdir. Bu yüzden yetiştiriciliği yapılan su ürünlerinin sağlık durumları belirlenerek, teşhis ve tedavisinde önemli bilgiler elde edilebilmektedir. Balık kanlarının boyanmasında kullanılan yöntemlerin başında Natt-Herrick solüsyonu gelmektedir. Bu solüsyon kullanılarak elde edilen kan örneklerinin mikroskop ortamında gözle değerlendirilmesi ve hücrelerin sayısının belirlenmesi gözle yapıldığından oldukça zor ve zaman alıcı olmaktadır. Bu çalışmada, balık kanı örneklerine ait mikroskobik görüntülerindeki hücrelerin belirlenmesine yönelik çekirdekli bölge genişletme (Seeded Region Growing - SRG) yaklaşımına dayalı, kullanıcı müdahalesinden bağımsız otomatik bir arayüz geliştirilmiştir. Geliştirilen bu yöntemin başarımının değerlendirilmesinde farklı balık türlerinden (gökkuşağı alabalığı ve çipura), Natt-Herrick solüsyonu ile hazırlanan örneklerden, 100X yaklaştırma oranı ile elde edilmiş 100 adet görüntü kullanılmıştır. Geliştirilen yöntem ile elde edilen sonuçlar, hücreleri %97 doğruluk oranı ile belirleyebilmektedir. Anahtar Kelimeler: Balık Kanı, Natt-Herrick Solüsyonu, Çekirdekli Bölge Genişletme, Ayrıştırma
Kaynak Gösterimi
Burada yer alan makaleler, 31 Mayıs – 2 Haziran 2014 tarihleri arasında Elazığ’da yapılan Doğu Anadolu Bölgesi V. Su Ürünleri Sempozyumunda sunulmuştur. Makaleleri yayınlarınızda kaynak olarak kullanırken lütfen bu bilgiye yer veriniz.